除了和谈，崇祯皇帝和朝廷当然也要解决军事问题。首要考虑的就是军事统帅。
在陕西总督汪乔年在襄城被俘身死后，一直作为围剿农民军的主力之一的西北军没有了统帅。崇祯帝在认真斟酌了可能的人选之后，决定重新任用原陕西巡抚孙传庭。
孙传庭自崇祯九年出任陕西巡抚起，开始主持一方的围剿，而且表现出不同寻常的干才。但这位能干的统帅又是一个极其傲慢自负的人，也是少数敢于抵制崇祯皇帝自作聪明的大臣之一，因而很不讨崇祯皇帝的喜欢。为此，孙传庭也付出了代价，在崇祯十二年先是被撤职，而后又被逮捕，关在刑部的天牢中，一关就是两年多。
直到崇祯十四年末，首辅周延儒几次提出孙传庭人才难得，希望皇帝能赦免孙传庭委以重任。崇祯皇帝也感到几个堪为任用的军事人才如杨嗣昌、洪承畴、傅宗龙等人死的死，被困孤城的被困孤城，也确实亟需像孙传庭这样的人，因而将他开释，起用为兵部侍郎。
有些可笑的是，现在的诏狱已经变成了大明朝军事统帅的储备之地了。